La iglesia de Santa María del Águila, se construyó con dinero público, del Tesoro de Castilla, no eclesiástico, por lo que durante siglos fue considerada Patronato regio, interviniendo el Rey en el nombramiento de Párrocos y Beneficiados, régimen de administración y conservación, enterramientos etc.
De todas formas, habiendo sido el Castillo alcalareño residencia real no sólo de Fernando III, sino de varios reyes medievales posteriores, Santa María debió ser remodelada y embellecida.
Sobre la ventana del torreón que antaño albergó la pila bautismal, hay tallada en piedra una sugestiva Flor de Lis, signo de realeza. Lo mismo se diga, durante el tiempo en que la fortaleza perteneció al Marqués de Cádiz, que la reedificó casi totalmente. De esta época se conserva una interesante pintura mural al fresco que encabeza la nave de la epístola, y que constituye un interesante ejemplar de pintura de estilo gótico internacional. (S.XV), muy similar a las existentes en San Isidoro del Campo (Santiponce).
La iglesia tuvo feligreses hasta el siglo XVI en que las epidemias de pestes y el fin de la guerra, permitió a la población abandonar el recinto amurallado y descender buscando la comodidad del agua y las riberas del Guadaíra. Pese a ello, las Fiestas Mayores, Oficios de Semana Santa, Procesión del Corpus etc.., siguieron celebrándose hasta final del siglo XVIII en esta iglesia, cuya Cruz parroquial revestida de damasco carmesí, mantiene su preeminencia sobre las demás.
En 1791 perdió los fueros y privilegios de «Iglesia Mayor» a favor de Santiago, y con ello el traslado a dicha parroquia de las fiestas mayores.
En 1796, se produjo el desplome de parte de la techumbre de la nave central, pasando el culto y la Imagen de la Virgen a Santiago. El visitador dispuso su total derribo y absorción por Santiago de sus imágenes y rentas; pero el pueblo se opuso frontal y radicalmente, consiguiendo que se rehabilitase el templo y la Virgen volviese a su casa. Concluyeron las obras de reconstrucción hacia 1803.
Con la invasión francesa, (1808) la Imagen ha de ser trasladada nuevamente a Santiago, pues el Templo recientemente restaurado se utiliza para acuartelamiento de las tropas napoleónicas causando grandes destrozos en el mobiliario. Del Altar Mayor son expoliadas algunas pinturas.
La reacción se registra en 1891, con la creación de la Hermandad. Párrocos, sacerdotes y seglares, van a dedicar sus esfuerzos a rehacer la casa de la Virgen. Desde entonces la historia de la Hermandad está enlazada con permanentes obras y mejoras en el templo.
En el siglo XX se han realizado tres grandes intervenciones. En 1911, bajo la dirección de Don José Gestoso y Díaz, se acometió un amplio proyecto de reforma artística. Con los sucesos de 1936, la iglesia, a excepción de la Capilla Mayor, quedó reducida a cenizas, siendo reconstruida en 1943. Finalmente hubo otra gran reconstrucción en 1963 cuando debido a la escasa calidad de las maderas utilizadas solo veinte años antes, cedieron nuevamente las techumbres.